Benoît Aliaga

Deaf PhD in epigenetics

DNA image

Research

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Why study Evolution is important?

Depuis la naissance de la théorie de l’Evolution par Darwin en 1858, les études scientifiques et les articles de vulgarisation se multiplient. Pourquoi sommes-nous intéressé par cette théorie ? Que peut-elle nous apporter ? Afin de répondre à toutes ces questions, je vous propose de faire une brève introduction sur la diversité du vivant et de l’état actuel des connaissances sur la théorie de l’évolution. Je conclurai sur le bénéfice que l’Homme peut en retirer.

D'après l'étude de Mora et al, il y aurait environ à 8 millions d’espèces vivantes sur Terre (Mora et al. 2011). Ce chiffre est assez impressionnant, mais ce qu'il y a de plus surprenant, c'est la diversité au sein de ces espèces. En effet, elles vivent dans des environnements différents (mer, terre, air) et interagissent entre elles (interaction interspécifique). Dans cette grande diversité biologique, il existe également une diversité intraspécifique dû à des variations des traits biologiques.

Cette variabilité intraspécifique est une question centrale dans la théorie de l’évolution (Darwin 1868; Gerhart & Kirschner 2007). En effet, c’était le point de départ du raisonnement de Charles Darwin pour expliquer l’évolution des espèces. Expliquer son raisonnement Quels sont les mécanismes de variabilité et de son héritabilité ?

Depuis, de nombreux mécanismes ont été découvert (génétique, épigénétiques, etc.) et de nouvelles théories sont apparues. Aujourd’hui, deux grandes théories s’affrontent SET (Standard Evolutionary Theory) vs EES (Extended Evolutionary Synthesis) (Pigliucci 2007; Laland et al. 2014). Cette dernière théorie s’avère particulièrement intéressante, car elle accorde un rôle important au développement et ses mécanismes épigénétiques dans ces variabilités

Afin de clairement établir le rôle de chacune de ces théories dans l’évolution des espèces, il est particulièrement important de l’étudier à différents niveaux (génomique, épigénomique, environnementale, etc.) et en utilisant diverses approches méthodologiques. Vous pouvez les retrouver en détails dans le paragraphe intitulé : A summary of my current and past works.

« Nothing in biology makes sense except in the light of evolution »
Theodosius Dobzhansky

Quels vont être les bénéfices pour l’homme ? Elles sont nombreuses : philosophique, gestion environnementale, santé animale et humaine.

N’hésitez pas à me contacter si vous avez des questions ou si vous souhaitez développer un projet de recherche.

References

  • Darwin, C. (1868). The variation of animals and plants under domestication. O. Judd
  • Gerhart, J. & Kirschner, M. (2007). The theory of facilitated variation. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 104 Suppl, 8582–8589
  • Laland, K., Uller, T., Feldman, M., Sterelny, K., Müller, G.B., Moczek, A., et al. (2014). Does evolutionary theory need a rethink? Nature, 514, 161–164
  • Mora, C., Tittensor, D.P., Adl, S., Simpson, A.G.B. & Worm, B. (2011). How many species are there on earth and in the ocean? PLoS Biol., 9, 1–8
  • Pigliucci, M. (2007). Do we need an extended evolutionary synthesis? Evolution (N. Y)., 61, 2743–2749

A summary of my current and past works

During my studies I made severals internships about Evolution.

Before my PhD, I made 3 internships in different places and country during my master studies:


PhD

Framework

Aim

Dans cette thèse, nous allons nous intéresser à deux de ces mécanismes : la méthylation de l’ADN dans le cadre d’une étude pan-espèces et la modification post-traductionnelle des histones d’un vers parasite de l’homme (Schistosoma mansoni).

Methods

During this PhD, I used various methods. Firstly, I used

Publications

Since the beginning of my PhD, I have been a co-author of three articles, which are:

My PhD defense

I defended my PhD thesis at the May 24th 2018. My dissertation committee was composed by:

  • Prof. Jérôme Boissier, IHPE lab, University of Perpignan, France
  • Prof. Malika Aïnouche, EcoBio lab, University of Rennes 1, France
  • Dr. Emmanuelle d'Alençon, INRA Montpellier, France
  • Dr. Christine Cousteau, INRA Nice, France
  • Dr. Natacha Bies-Ethève, LGDP lab, University of Perpignan, France

You can find my thesis preface in the blog page (only in french). This one made it possible to make known all the difficulties met during my childhood and during my school and university career, as well as to explain my interest for sciences and biology in particular. This seemed to me justified considering my atypical profile and it seemed important to me that people I did not know knew it.

Below, you can watch my PhD defense (in french).

References


Master 2 internship (6 months)

During this second year of master of environmental genomics, I made a 6 months internship at the Ecology and Evolution of Interaction lab in the University of Perpignan (France).

Keywords

DNA methylation, CpGo/e, gene body, prediction, Gaussian distribution and non-Gaussian distribution

Framework

Blablabla

The aim

Blablabla

Methods

Blablablabla


Master 1 interships

During my first year of the Master's in Environmental Genomics, I carried out two internships.

Rennes 1 University (3 months)

I joined the Evolution Genome and Adaptation team at the ECOBIO lab of the University of Rennes 1. I worked on an invasive plant species (Spartina maritima).

Keywords

Polyploidy, NGS (Next-Generation-Sequencing), SNP (Single Nucleotide Polymorphism), 45S rDNA, Duplications

Framework

Pour comprendre l’apparition de nouvelles espèces et leurs évolutions, il faut étudier s’intéresser aux mécanismes de la spéciation. La polyploïdie est un de ces mécanismes.

Définir la polyploïdie et donner des exemples.

Polyploïdy

S’il y a une duplication des chromosomes, alors comment évolue les copies des gènes dupliqués chez ces espèces polyploïdes ?

Le 45S rDNA, un candidat intéressant => Pourquoi ? Répliqué en tandem, tendance à l’évolution concerté.

Dans la litérature, il y a trois cas de polyploidie Tragapogon, nicotonium tabacum et les spartines. Ces dernières sont intéressantes. En effet, dans le processus de polyploidie , elles se situent entre tragapogon et nicotium. De plus, son histoire phylogénétique et sa particularité d’être une plante invasive renforce son intérêt pour …

The aim

Mon travail au sein de l'équipe consistait à étudier les copies...

Spartina maritima is an invasive plant.

Please click below to see the graphical abstract.

Methods

My colleague Julien Boutte predicted many haplotype

Milestones(?)

This experience was followed by a poster presented by Julien Boutte at the International Conference on Polyploidy, Hybridization, and Biodiversity (ICPHB) in Průhonice, Czech Republic (7th-10th May 2012) and a publication entitled Haplotype detection from next generation sequencing in high ploidy-level species: 45S rDNA genes copies in the hexaploid Spartina maritima in G3: Genes, Genomes, Genetics.

References

University of Lausanne (8 months)

After successful completion of the 1st internship in Rennes (France), I joined the Bize research group (now at Aberdeen University in Scotland) in the Department of Ecology and Evolution at the University of Lausanne (Switzerland) as a trainee to work on ...

Keywords

Aging, Telomeres, Ficedula albicolis, Life History Traits, Phenotypic Plasticity

Framework

Blabla

The aim

The aim...... You can watch here the graphical abstract

References

  • Lindström, J. (1999). Early development and fitness in birds and mammals. Trends Ecol. Evol., 14, 343–348
  • Aubert, G. & Lansdorp, P.M. (2008). Telomeres and Aging. Physiol. Rev., 88, 557–579
  • Blasco, M.A. (2007). Telomere length, stem cells and aging. Nat. Chem. Biol., 3, 640–649
  • Horn, T., Robertson, B.C. & Gemmell, N.J. (2010). The use of telomere length in ecology and evolutionary biology. Heredity (Edinb)., 105, 497–506
  • Monaghan, P. (2010). Telomeres and life histories: The long and the short of it. Ann. N. Y. Acad. Sci., 1206, 130–142